Comparte posición con Cádiz. Cinco de las seis distinciones son en puertos de gestión directa de la Agencia Pública de la Junta: Ayamonte, Punta Umbría, Isla Cristina, Mazagón y El Terrón.
Los puertos deportivos andaluces obtienen 20 banderas azules repartidas en cinco provincias: Almería (2), Cádiz (6), Granada (1), Huelva (6) y Málaga (5). Nueve de estas distinciones han recaído en puertos gestionados directamente por la Junta de Andalucía a través de la Agencia Pública de Puertos (APPA). El resto son a través de concesionarios privados (9) o de gestión estatal (2).
El litoral onubense ha aportado cinco distinciones en los puertos de gestión directa de Ayamonte, Punta Umbría, Isla Cristina, Mazagón y El Terrón.
El distintivo de bandera azul es concedido por la Fundación Europea para la Educación Ambiental (FEE) y la Asociación de Educación Ambiental y del Consumidor (ADEAC) en reconocimiento a la calidad medioambiental y la labor formativa. Las banderas azules se conceden tras un análisis exhaustivo por parte de los técnicos de ADEAC de las condiciones de seguridad, calidad ambiental, gestión sostenible, servicios al usuario, integración social y labor divulgativa de cada puerto. También se tienen en cuenta criterios de sostenibilidad ambiental como la calidad del agua, la gestión de los residuos, priorizando el reciclaje, la promoción del transporte sostenible, la restricción al tráfico y aparcamiento vehículos a motor en el puerto; la eficiencia energética y en el uso del agua, la utilización de productos ecológicos y la integración paisajística.
El programa Bandera Azul promueve el uso racional de los recursos en las instalaciones y actividades náuticas y conciencia a las personas que utilizan estas instalaciones sobre la necesidad de protección del medio marino y la navegación sostenible. Además, se premia a los patrones de embarcaciones que desarrollan buenas prácticas ambientales y a embarcaciones turísticas sostenibles que realizan excursiones por la costa para dar a conocer la biodiversidad marina. Las embarcaciones turísticas premiadas en Andalucía han sido un total de cuatro, una de ellas, EMAI, con amarre en el puerto de Isla Cristina, de gestión directa de la Junta de Andalucía, en la provincia de Huelva.
La concesión de la bandera azul también valora criterios sociales como la adaptación de las instalaciones a personas con discapacidad, la organización de actividades de educación ambiental dirigidas a su personal y usuarios (limpieza de fondos marinos, visitas de escolares, conservación de la flora y fauna acuática) y la información ambiental a disposición de los usuarios de estos puertos deportivos sobre las zonas marítimas y espacios naturales sensibles cercanos. Andalucía ha logrado en la última convocatoria 162 distintivos de bandera azul, 138 de ellos a playas, 20 a puertos y 4 a embarcaciones sostenibles lo que supone el segundo puesto en número de galardones por comunidades autónomas.
